1601年の佐渡金山の開山に伴い、佐渡は幕府直轄の天領(幕府の直轄地)となり、相川に奉行所が置かれました。慶長8年(1603)、大久保長安は相川の金銀山が栄えると、半田清水ヶ窪(現広間町)の田地を、山師山崎宗清より買い取って鶴子(沢根)にあった佐渡奉行所を慶長9年相川へ移しました。その後、何度か焼失しましたが、その都度規模を縮小しながら再建されました。
明治以降、佐渡県庁、相川県庁、郡役所、新潟県支庁、旧制相川中学校として利用されましたが、昭和17年(1942)12月焼失してしまいました。
現在の佐渡奉行所は安政5年に建てられた奉行所を基に復元し、平成13年4月より一部一般公開しています。